Wczesnośredniowieczna osada położona była na terenie rozległych lasów zwanych Puszczą Mokowską. W latach 1420 - 1439 proboszczem w Witkowie był Wincenty Kot z Dębna, późniejszy arcybiskup gnieźnieński i prymas Polski. Tu wychowywali się pod jego kierunkiem synowie króla Władysława Jagiełły. Częstymi gośćmi w Witkowie byli Ignacy Krasicki i Marian Langiewicz. Między rokiem 1887 - 1927 Witkowo było stolicą powiatu. W 1896 r. miasto uzyskało połączenie z Gnieznem koleją wąskotorową.
Centralnym punktem miasta jest czworoboczny rynek z kościołem św. Mikołaja. Obecnie, kościół z 1840 roku, utrzymany jest w stylu późnoklasycystycznym. Polichromia wnętrza i ornamenty sgraffitowe zostały wykonane przez Jerzego Hoppena i Leonarda Torwirta. W okresie Powstania Wielkopolskiego utworzono oddział wojskowy, który wyzwolił miasto, a następnie udzielili pomocy Gnieznu i walczył na froncie północnym. W Gminie znajdują się dwa wczesnośredniowieczne grodziska - w Chłądowie i Małachowie Złych Miejsc, w którym archeolodzy znaleźli figurkę egipskiej bogini Izydy z synem Horusem.
